On a pas tous les jours l’occasion de pouvoir interagir avec des chercheurs que l’on imagine, en blouse blanche dans leurs labos, affairés à des projets de recherche fondamentaux ou appliqués, plus ou moins incompréhensibles pour le citoyen lambda.
Pourtant le citoyen se pose légitimement des questions sur la recherche, sur ses enjeux et sur les progrès attendus.
A l’occasion de la journée mondiale de lutte contre le cancer, l’ARC se fait l’intermédiaire entre le grand public et la communauté de la recherche dans le domaine du cancer, et propose aux deux mondes de dialoguer sur questions-chercheurs.com. Chacun est libre de poser des questions et de partager ses interrogations sur les travaux en cours.
En effet, sous l’égide de l’ARC, d’éminents chercheurs, spécialistes du cancer, se mobilisent à partir du 4 février et pendant 2 mois (et plus si besoin) pour échanger avec les médias et le public. Ils répondront sur questions-chercheurs.com aux questions portant sur la recherche sur le cancer en général et sur leur champ d’expertise : la prévention et le dépistage, le cancer du sein, le cancer de la prostate, le cancer du foie, les cancers de l’enfant et les virus responsables de cancer.
Quatre sujets de discussion sont proposés : la recherche sur la prévention et le dépistage, les avancées de la recherche, la recherche sur les traitements des cancers et le soutien de l’ARC à la recherche.
Cette équipe de chercheurs est constituée de personnalités suivantes qui pour l’occasion se présentent sur la chaîne dailymotion de l’ARC :
Daniel Birnbaum, directeur de l’équipe « Oncologie moléculaire » au centre de recherche en cancérologie de l’Institut Paoli-Calmettes de Marseille.
Marie-Annick Buendia, directrice de l’unité de recherche « Oncogenèse et virologie moléculaire » à l’Institut Pasteur de Paris.
Olivier Cussenot, directeur de l’unité de recherche « Urologie » à l’hôpital Tenon à Paris.
Guy Launoy, directeur de l’équipe « Cancers et Populations » à l’Université de Caen – Basse-Normandie.
Jean Michon, chef du département d’oncologie pédiatrique à l’hôpital de l’Institut Curie à Paris.
Jessica Zucman-Rossi, directrice de l’équipe mixte Inserm-Université Paris Descartes « Génomique fonctionnelle des tumeurs solides » à l’hôpital Saint-Louis, Paris.
A signaler enfin : cette belle initiative est également relayée sur twitter (@ARCcancer) et sur facebook.
Matinée TIC & Santé suite : il s’agissait bien de la troisième conférence (et non de la seconde comme annoncé dans mon précédent post, je me suis emmêlé dans mes notes…), sur les apports de la robotique à l’assistance à la personne avec la démonstration de Nao le robot humanoïde développé par la société parisienne Aldebaran Robotics, représenté par Bruno Maisonnier, son fondateur.
La France est avec le Japon un des pays en pointe dans le développement de la robotique humanoïde, les Etats Unis étant paradoxalement peu actifs sur ce créneaux, privilégiant les applications dans le domaine de la défense. Le virage de la robotique humanoïde a en effet été sérieusement amorcé par le Japon qui anticipe un changement démographique majeur dans les prochaines années, avec de moins en moins d’actifs et une population vieillissante, en perte d’autonomie et nécessitant plus de soins. Les robots constitueront une alternative ou plutôt un complément à l’accompagnement de ces personnes, en accomplissant des taches aujourd’hui réservées à l’homme.
Mais la robotique humanoïde est encore aujourd’hui au stade de la recherche et du développement, un certain nombre de problématiques sont à régler avant de partager son quotidien avec les robots, allant de l’acceptation du robot par la personne, à des défis technologiques comme la conception de robots de taille humaine.
Pour en revenir à Aldebaran, Bruno Maisonnier a évoqué des travaux avec l’Institut de la Vision, dans lesquels Nao et ses descendants de plus grande taille, tels que Romeo, deviendront des assistants personnels aux personnes malvoyantes.
Dans le domaine de l’éducation à des gestes thérapeutiques, les robots humanoïdes peuvent présenter un côté ludique bénéfique à l’apprentissage, c’est un autre axe de recherche pour Nao, mis en oeuvre avec des enfants diabétiques à l’Hôpital San Raffaele de Milan (voir ce blog).
« System biology, omics, translational cancer medicine » était le thème de la première conférence de la matinée TIC & Santé du 22 janvier dernier, présentée par Yves Pommier, patron du Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute.
Une conférence passionnante et très pointue sur l’apport des systèmes de connaissances au drug discovery dans les domaines de la bioinformatique, de la fouille de données (ou data mining) et des -omics.
Le Laboratoire de Pharmacologie Moléculaire du National Cancer Institute intervient en amont dans le processus d’identification de nouveaux anti-cancéreux en criblant des molécules candidates sur des lignées cellulaires qui constituent des modèles expérimentaux de différents types de tumeurs.
Croiser une base de plus de le 500.000 molécules sur 60 modèles cellulaires génère une immense quantité de données, d’autant qu’avec les avancées de la génétiques des 2 dernières décennies, les paramètres d’analyse se multiplient : de la « simple » toxicité des molécules sur les cellules, on est passé à l’analyse des interactions entre les molécules et l’ADN des cellules tumorales (analyse de l’expression génique – au niveau de l’ADN et de l’ARN – des cellules exposées aux molécules testées).
Un profil d’expression génique des cellules exposées aux potentiels anti-cancéreux est ainsi obtenu qui porte sur plusieurs milliers de gènes par lignée cellulaire.
En plus de qualifier les molécules à tester et de les sélectionner pour des recherches ultérieures, cette approche permet également de comprendre le rôle des gènes et de leurs dérivés (les micro-ARN par exemple) dans les mécanismes tumoraux en comparant les résultats entre lignées cellulaires, et d’identifier des gènes spécifiques de chaque type de tumeur.
En plus de ce côté analytique qui requiert des puissances importantes de calcul, la base de données des molécules testées est ouverte puisqu’elle peut être alimentée par de nouveaux composés synthétisés par l’industrie pharmaceutique et biotech ou par des labos académiques. Les molécules anticancéreuses sur le marché y sont également ajoutées.
Les données issues des analyses sont disponibles pour la communauté scientifique à partir d’une page web, qui permet d’accéder aux bases de données et aux applications bioinformatiques du laboratoire.
Outre la présentation par Yves Pommier d’applications bioinformatiques dans le domaine de la découverte de médicaments, il faut retenir à mon sens de cette première session le modèle de recherche participative et ouverte, par l’accès et le partage des outils, des modèles expérimentaux et des résultats. Ceci n’est pas sans rappeler une initiative comparable dans le secteur privé, que j’avais abordé ici.
Dans un prochain post, pour poursuivre sur ce symposium TIC & Santé, je reviendrai sur la présentation du robot Nao par Aldebarran Robotics et de ses applications dans le domaine de la santé.
——–
Si j’ai raconté n’importe quoi sur la génétique, n’étant pas spécialiste, n’hésitez pas à me corriger dans les commentaires !
L’Université de Floride va ainsi développer un réseau social tandis que l’Ecole de médecine d’Harvard aura la charge d’un espace de partage de ressources scientifiques.
Cette subvention distribuée par les NIH provient du plan de relance du gouvernement, dont les NIH bénéficie au total à hauteur de 5 milliards de dollars. Elle doit contribuer à renforcer les liens entre chercheurs sur le territoire US, faciliter et accélérer la recherche, mais aussi, relance oblige, créer de nouveaux emplois.
The same principles and technology that enable teenagers to instantly share updates and pictures with their friends also can help researchers connect, collaborate and share resources better and faster on scientific advances.
L’AFSSAPS a lancé en fin de semaine dernière un répertoire des essais cliniques de médicaments en France. Ce répertoire s’adresse au grand public et aux professionnels, à la recherche d’informations sur les essais cliniques autorisés en France et sur les résultats de ces essais.
Le répertoire des essais cliniques de médicaments élaboré par l’Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (Afssaps), (…), concerne les essais cliniques menés en France portant sur les médicaments y compris les essais cliniques de thérapie cellulaire ou génique.
L’objectif de ce répertoire est d’informer le public, notamment les patients et les associations de patients, et les professionnels de santé (médecins traitants et chercheurs) sur l’existence de tout essai clinique mené en France et dont la demande a été déposée après le 1er janvier 2009 hormis les essais cliniques de première administration à l’homme, d’étude de concept et de pharmacocinétique menée chez le volontaire sain.
Les essais cliniques répertoriés sont ceux portant sur les médicaments et autorisés par l’Afssaps et disposant d’un avis favorable du comité de protection des personnes concerné.
Impression personnelle : malgré une interface un peu austère et l’absence de fonctionnalité permettant le suivi d’une requête (du RSS aurait été utile), le répertoire français présente une alternative à la base US clinicaltrials.gov et devrait permettre de développer les liens entre patients et chercheurs.
Mettre sur le marché un nouveau médicament prend (au mieux) une dizaine d’années et coute près d’un milliard de dollars. Pour un nouveau médicament commercialisé, on estime que 5000 à 10.000 composés ont été testé en amont (source)
Le processus de R&D est partagé entre plusieurs types d’acteurs : des industriels, biotech ou pharma, et des chercheurs du monde public qui interviennent principalement au niveau de la recherche fondamentale en décodant les mécanismes biologiques des maladies et proposant des scénarii de traitement possible, sous forme de molécules d’origine chimique ou biologique qui vont interagir avec le mécanisme pathologique.
Ces deux mondes se rencontrent naturellement depuis longtemps et les collaborations sont nombreuses, mais le web peut-il aujourd’hui booster ces collaborations et devenir un outil utile au drug discovery ?
C’est le pari qu’à récemment fait Eli Lilly, laboratoire pharmaceutique nord-américain, qui a mis sur pied la plate-forme PD2 (prononcer « Pi Di Square ») pour Phenotypic Drug Discovery.
Le principe en est simple : permettre à des structures de recherche universitaire ou des entreprises de biotech, de tester les molécules développées en interne dans des batteries de tests validés, d’abord par des techniques de modélisation moléculaire (recherche in silico), puis in vitro, dans des modèles de pathologies humaines, les modèles phénotypiques.
La première phase de test consiste pour l’institution publique ou l’entreprise de biotech à la soumission, via une plate-forme web sécurisée et de manière confidentielle, d’une structure chimique modélisée qui va subir une première batterie de tests in silico afin d’identifier des structures chimiques potentiellement intéressantes pour un développement ultérieur.
La seconde phase, toujours basée sur la plate-forme web, et toujours confidentielle, permettra à l’institution publique ou l’entreprise de biotech de faire tester physiquement ses échantillons dans des modèles phénotypiques in vitro, propriété d’Eli Lilly : Maladie d’Alzheimer, Diabète, Cancer et Ostéoporose et d’obtenir un ensemble de résultats caractérisant l’activité de son composé dans ces différents modèles.
Une fois passées ces deux phases – décrites en détail ici – pourront débuter d’éventuelles négociations entre Lilly et l’institution propriétaire du composé sur les suites à donner au développement : publication des résultats ou partenariat de R&D avec partage de propriété sur la molécule.
A nouveau et comme dans la plupart des cas de transfert de données, ce sont la sécurisation et la garantie de confidentialité du système qui sont les points critiques de la solution développée par Lilly, mais c’est en tout cas une initiative à suivre pour vérifier que, comme cela devrait être le cas à mon sens, le web est et sera de plus en plus un outil incontournable en recherche biomédicale.
L’objectif général de cette étude est de mieux évaluer les relations entre la nutrition et la santé et de comprendre les déterminants des comportements alimentaires.
Il s’agit d’étudier, sur un large groupe de personnes vivant en France :
Les comportements alimentaires et leurs déterminants en fonction de l’âge, du sexe, des conditions socio-économiques, du lieu de résidence, etc.
Les relations entre les apports alimentaires, l’activité physique, l’état nutritionnel et la santé. Tous les grands problèmes de santé seront étudiés, entre autre l’obésité, l’hypertension artérielle, le diabète, les dyslipidémies, les maladies cardiovasculaires, les cancers, etc.
Le but de cette étude est d’identifier des facteurs de risque ou de protection liés à la nutrition pour ces maladies, étape indispensable pour établir des recommandations nutritionnelles permettant de prévenir le risque de maladies et d’améliorer la qualité de la santé de la population actuelle et des générations futures.
La constitution de cette cohorte, et c’est une première en France, passe par le recrutement et le suivi en ligne des participants pendant au moins 5 ans.
Les participants répondront à des questionnaires réguliers et bénéficieront en retour, via leur espace perso sur le site de l’étude, d’informations permanentes sur l’état d’avancement de l’étude et ses résultats, ainsi que de multiples informations sur la santé et les progrès de la recherche médicale.
Il va être intéressant d’observer si les participants s’organisent en un réseau – NutriNet Santé n’en n’étant pas un – et échangent sur leur expérience autour de cette étude sur facebook par exemple, et si un tel réseau se met en place, comment peuvent évoluer les comportement des nutrinautes sur une longue période.
Mendeley, réseau social dédié aux chercheurs, fait partie des 20 start-ups qui s’affronteront à coups d’elevator pitches le 12 mars prochain dans le cadre de la conférence Plugg à Bruxelles.
Mendeley combine une application de bureau (windows, mac ou linux) et un profil web qui permettent de gérer des publications scientifiques (les siennes et sa bibliothèque), de les partager, et d’en découvrir d’autres par le biais d’interactions avec les autres membres du réseau et – bientôt – par des recommandations ciblées selon le profil.
Plusieurs fonctionnalités de partage viennent compléter l’outil : création de groupes, géolocalisation, importation de contacts webmail, feedback utilisateurs via uservoice…
Le service est pour l’instant gratuit, mais Mendeley annonce l’ajout de fonctions payantes dans le futur, avec vraisemblablement l’obligation de passer par un compte payant pour activer ces fonctions.
Mendeley figure en bonne place sur le créneau des réseaux sociaux destinés à la communauté scientifique (voir les articles sur labmeeting, researchgate), la société vient de lever 2 M$ et de conclure un partenariat avec CiteULike, site de socialbookmark d’articles scientifiques.
Bien que n’exerçant pas dans le domaine de la recherche pure, mais ayant pas mal d’articles, rapports et analyses à stocker, j’ai créé un profil test que vous pouvez consulter en cliquant …
Un exemple concret de contribution d’un réseau social de patients à un projet de recherche clinique : PatientsLikeMe.com, réseau constitué autour de maladies neurologiques (voir mon post précédent à ce sujet), met en avant sur sa page recherche clinique l’essai FREEDOMS II sponsorisé par Novartis dans la sclérose en plaque dans sa forme récurrente-rémittente.
Les visiteurs sont dirigées vers un site web spécialement mis en place leur proposant un « prérecrutement » en ligne et indiquant les centres ouverts, ici exclusivement sur le territoire US.
AltSearchEngines.com est un blog de l’excellent réseau ReadWriteWeb qui scanne et indexe les moteurs de recherche de niche et alternatifs, qui apportent une réelle innovation aux internautes dans leurs recherches sur le web.
Ils sont au (faible) nombre de 6, dont 2 ont déjà été présentés ici.
GoPubMed : présenté ici récemment, GoPubMed applique des concepts web2.0 aux recherches MedLine. Un outil très puissant une fois son fonctionnement assimilé.
HealthLine : énorme portail santé qui promet un accès aux informations les plus pointues et les plus fiables. Le site embarque notamment une plate-forme de blogs experts à qui chacun peut poser ses questions, de nombreuses videos ou des outils interactifs (quizz…). C’est presque trop!
HealthPricer : le kelkoo des produits de santé, dont médicaments de prescription, très orienté US où l’utilisation du net pour le shopping santé est déjà très développée. Pas forcément encore le cas en Europe et en France, du fait des risques liés à l’achat de médicaments en ligne : voir la mise en garde de l’AFSSAPS sur ce point.
Healia : un logo, un champ de recherche et un bouton « search », pas de doute c’est sur un moteur de recherche que l’on a atterri. Mais derrière cette simplicité apparente se cachent d’autres fonctionnalités, recherche web bien sur, mais aussi recherche de publications scientifiques et d’essais cliniques (en version beta) sur medline et sur clinicaltrials.gov. Healia propose aussi des fonctionnalités sociales (« share your experience, connect with people, ask questions »), ce sont les communautés Healia, également en version beta.
iMedix : également chroniqué ici, iMedix attire l’oeil d’emblée par ses fonctions sociales en mettant en page d’accueil les photos de ses membres.
OrganizedWisdom : « the human powered health search » OrganizedWisdom propose une recherche dans une information déjà hiérarchisée, organisée, validée par des experts, médecins ou non, et invite les membres à devenir experts à leur tour. A noter la possibilité d’accèder moyennant 1,99$ la minute à un chat avec un professionnel de santé.
De la physique, de la chimie et même un peu de zoologie. c’est beau, c’est macro. (pour les geeks de l’image : Canon 5DmarkII + MP-E 65mm) trouvé chez clemento.
Un des challenges photo de jpgmag.com en ce moment : Inside Your Medicine Cabinet. There’s a reason why visitors to a house will sometimes peek in the medicine cabinet. While it’s a quite rude thing to do, they get to know a whole lot about someone just from opening that door. Let’s get to know each other [...]
Après l’annonce en juillet dernier d’un partenariat pour 
L’objectif général de cette étude est de mieux évaluer les relations entre la nutrition et la santé et de comprendre les déterminants des comportements alimentaires.
